防水问题是重中之重，一旦在水下实地测试时鱼体进水，里面的电路板将会完全被烧毁,锂电池组会被短路，轻则所有电子元件失效，重则造成严重短路和漏电，甚至爆炸伤人。无论如何，一旦防水做得不够好，所搭建的程序平台都将前功尽弃，从头再来，造成的损失无法挽回。
本项目中，在鱼本体的建模时考虑了防水的问题，上下两部分接合处采用了沟槽的设计，方便卡合，同时能够阻止一部分水的渗入。并且在装配体下部设计了隔板，将电路及电源部分和周围易渗水的部位用隔板隔离开来。在动力方面，采用两台韩国原装进口Hitec公司HS646WP数字防水舵机，其扭矩大，可达IP67工业级防水，在水下功能非常强悍。在动态密封方面，如在舵机线和鱼体的连接孔处，使用了以聚乙烯为原料的胶塞，以柔性防水硅胶704将之密封，待其固化成型之后可达到非常好的防水效果。在上下两部分的接合处,仅仅靠沟槽设计是远远不够的，此处仍然需要防水硅胶密封，待其固化成型之后，再在其表面粘上强力泡沫海绵胶带，其粘性强，接触性好，不易产生气泡，能够在鱼体表面很好的粘合。
数字防水舵机 鱼体下方配重图
除了防水之外,另外一个难以解决的问题是如何保证鱼在水中能够平稳地保持悬浮状态。
首先，要想实现鱼能够在水中悬浮，必须要满足鱼的整体密度和水的密度相当。在这一方面，阿基米德原理告诉我们，机器鱼的体积一定，用排水法测出其排水质量，其排水力即为鱼在水中所受的浮力，然后将此浮力和鱼的重力相比，相差的那一部分就 是所需要加入的配重铅块的质量。
其次，鱼本体截面呈近似的椭圆形，如何保证鱼在水中是“直立”而不会侧翻是另外一个问题。在本项目中，使鱼的重心尽量下移，使其重心一直保持在浮心的下方即可。配重图如上图所示。
，为了使鱼在水中游动的时候其身体轴线与地面平行，需保证重心与浮心在同一条铅垂线上，否则鱼体相对于重心的力矩不平衡，会使之产生不必要的俯仰角。如下图所示。
鱼体重心与浮心在同一铅垂线上